Высокое качество оказания услуг и разработки программных продуктов, соблюдение финансовых и временных рамок проектов, контроль за решением задач клиентов - являются ключевыми факторами, влияющими на успех внедрений и развитие компании в целом. В связи с этим в 2004 году на общем собрании сотрудников ЭЛИАС ВЦ было принято решение о внедрении и последующей сертификации системы менеджмента качества.

1 сентября 2006 года Внедренческий Центр «ЭЛИАС» успешно прошёл сертификационный аудит на полное соответствие системы менеджмента качества международному стандарту ISO 9001:2000 и получил сертификат соответствия. В ходе аудита несоответствий обнаружено не было.

В последующие годы компания успешно проходила все регулярные сертификационные аудиты. В августе 2015 года компанией был успешно пройден очередной сертификационный аудит, подтвердивший соответствие системы менеджмента качества стандарту ISO 9001:2008. Компании выдан сертификат соответствия.

При разработке системы менеджмента качества ЭЛИАС ВЦ использовались технологии «ТСКФ» и «ТСКП», разработанные фирмой «1С» на основе стандарта ISO 9001:2008.

Высокий уровень требований, выдвигаемых к сертифицируемым системам качества, обуславливается выбором в качестве сертифицирующего органа одной из наиболее авторитетных и крупных международных сертификационных организаций - компании DNV.

Сертификационные аудиты в компании ЭЛИАС проводятся ведущими аудиторами фирмы DNV. Важным результатом сертификационного аудита является получение независимой и профессиональной оценки состояния системы менеджмента качества в организации. Прохождение регулярной сертификации позволяет непрерывно повышать уровень управляемости процессов деятельности компании, ставит на системную основу процесс непрерывного совершенствования качества оказываемых услуг и выпускаемых продуктов. В ходе проведения аудита 2015 года действующая система менеджмента качества и её глубокая интеграция с учётной системой компании получила высокую оценку со стороны аудитора

В 2018 году компания подтвердила соответствие системы качества новому международному стандарту ISO 9001:2015. Компании выдан сертификат соответствия.